Институт иудаики сотрудничает с:

Посольствои Израиля в Украине

Филиалом "Сохнут Украина"

Музеем "Яд Ва-Шем"

МОО «Центр научных работников и преподавателей иудаики в вузах «Сэфер»

Музеем Ванзейской конференции

Домом-музеем Анны Франк

Российским научно-просветительским центром «Холокост», Москва

Гейдельбергским университетом

Благотворительным фондом «Дар»

Центром МАТРА

Галицкой синагогой, г Киев

Международным еврейским русскоязычным сообществом с прочными корнями в Земле Израиля  "Мидраша Ционит"

и др.